Họ Nguyễn có từ rất lâu trước chúa Nguyễn nên nhiều chi phái, khó mà phân biệt được rạch ròi.
Họ Nguyễn có nhiều
- Họ Nguyễn của Nguyễn Huệ vốn gốc họ Hồ, do phần lớn bị bắt ở Đàng ngoài đày vào Đàng trong nên đổi sang họ mẹ để tánh phiền phức. Sau khi bị Nguyễn Ánh tiêu diệt, tru di, phần lớn người thân thích của anh em Nguyễn Huệ đều bị giết, người nào sống sót bỏ trốn ắt phải đổi họ để tránh, nên họ Nguyễn dòng Nguyễn Huệ coi như diệt tuyệt
- Họ Nguyễn của Nguyễn Ánh xuất thân từ làng Gia Miêu ở Diễn Châu, nên thường gọi là họ Nguyễn Gia Miêu để phân biệt với các họ Nguyễn khác. Khi làm vua thì coi họ Nguyễn không là đủ, vì lên đến đỉnh cao rồi khong lẫn lộn với các họ Nguyễn khác. Việc đặt niên hiệu Gia Long đã giải thích ở trước, liên quan đến dòng họ tổ tông Nguyễn Ánh
- Những họ Nguyễn khác vẫn giữ gốc của mình để phân biệt, ví dụ như họ Nguyễn của Nguyễn Du vốn gốc ở làng Tiên Điền, nên người ta thường gọi là họ Nguyễn Tiên Điền.
- Khi lên làm vua , Gia Long thường ban họ của mình cho các quần thần có công, họ được đổi sang họ Nguyễn, những người này họ Nguyễn Cửu...
Cnler có mem họ Hồ cũng nổi tiếng là Hồ Đắc Dẫn cháu Hồ Đắc Di 
Nhà Nguyễn bắt đầu từ con Chúa Nguyễn Hoàng thì còn có thêm chữ Phúc. Vì vậy nếu ai đó có tên Nguyễn Phúc / Phước thì có khả năng cao là có ít nhiều dính dáng đến hoàng tộc.
Còn họ Nguyễn thì k nhất thiết có nguòn gốc họ Nguyễn. Chẳng hạn sau khi họ Trần đảo chính cung đình nhà Lý thì bắt con cháu ho lý phải đổi sang họ Nguyễn, thâm chí còn đổi tên gọi nhà Lý thành nhà Nguyễn. Và rất nhiều dòng họ có vấn đề với chính quyền thời xưa cũng tìm cách cải sang họ Nguyễn để che dấu thân phận... vì thế ở Việt Nam quá trời họ Nguyễn với đủ thứ chi, họ.
